Kung ang isang punong-guro ng isang korporasyon ng S ay nagbabayad ng pera sa negosyo, ang iba't ibang mga kahihinatnan ng buwis ay umiiral depende sa kung ang pagbabayad ay itinuturing na isang pautang o inuri bilang isang karagdagang kontribusyon ng bayad na kabisera. Ang mga pagbabayad sa pautang mula sa korporasyon ng S hanggang sa punong-guro ay karaniwang hindi itinuturing na kita sa punong-guro. Gayunpaman, kung ang paunang pagbabayad ay itinuturing na karagdagang bayad na kabisera, ang kasunod na pagbabayad sa punong-guro ay maaaring isaalang-alang ang mga pamamahagi ng dividend o sahod, na kung saan ay ibubuwis sa punong-guro at maaari ring isama ang mga buwis sa pagtatrabaho sa sarili.
Para sa pagbabayad ng isang punong-guro sa isang korporasyong S na maayos na tratuhin bilang pautang, ang Internal Revenue Service, o IRS, ay nangangailangan ng isang kasunduan sa utang ng bona fide na umiiral sa pagitan ng korporasyong S at ng punong-guro. Kung walang umiiral na kasunduan, maaaring ituring ang karagdagang bayad na kabisera ng IRS. Mga elemento ng kasunduan sa utang ng bona fide ay may kasamang mga item tulad ng:
1) Isang nakasulat na kasunduan o talaan ng pangako sa pagitan ng korporasyong S at ng punong-guro
2) Isang makatwirang rate ng interes na sinisingil sa utang
3) Ang ilang uri ng seguridad para sa utang
4) Isang iskedyul ng pagbabayad para sa utang
Ang overarching tema sa pagpapasiya na ito ay isang tunay na kasunduan sa pautang ay dapat ilagay sa lugar kung saan ang tagapagpahiram, na sa kasong ito ay punong-punong-guro, ay may lahat ng normal na proteksyon ng isang tagapagpahiram sa labas. Kung ang mga proteksyon ay hindi umiiral, ang mga pondo ay maaaring isaalang-alang na "nanganganib." Ito ay katulad ng sa anumang iba pang pamumuhunan o kontribusyon sa isang negosyo sa negosyo. Mula sa pananaw ng korporasyon ng S, ang pagtanggap ng mga pondo ng punong-guro ay dapat na maiuri lamang bilang utang kung ang isang tunay na kasunduan sa utang ay nasa lugar. Kung hindi, ang mga natanggap na pondo ay dapat, bilang default, ay maitala bilang karagdagang bayad na kabisera.
Dahil ang mga korporasyon ng S ay mga flow-through entities, ang epekto ng buwis ng netong kita o pagkawala ng negosyo ay kinikilala sa mga indibidwal na pagbabalik ng buwis ng mga punong-guro. Ang mga punong-guro ay may pananagutan sa pagsubaybay sa kanilang personal na batayan ng stock at batayan ng utang sa negosyo. S korporasyon na dumadaan sa mga pagkalugi ay maaaring ibawas hanggang sa dami ng batayan na pag-aari ng bawat punong-guro. Sa kabaligtaran, S korporasyon na dumadaan sa kita nang labis sa batayan ay itinuturing na kita na maaaring ibuwis. Kahit na ang korporasyon ng S mismo ay hindi mananagot para sa pagsubaybay sa batayan ng stock at batayan ng utang ng mga may-ari nito, dapat pa rin itong malinaw na linawin ang mga kontribusyon ng kapital mula sa mga pautang upang tama ang mga pahayag sa pananalapi sa pagtatapos ng taon. Ang anumang mga pagkakamali sa mga pahayag sa pananalapi ng S korporasyon ay maaaring maging sanhi ng mga K-1 na inisyu sa mga may-ari ng stock na hindi tama. Mahalaga rin na ang malinaw na komunikasyon ay umiiral sa pagitan ng pamamahala ng korporasyon ng S at ang pangunahing punong nag-aambag o nangungutang ng pera sa korporasyon.
